Eduardo Alfonso construyó, con los también doctores Ruiz Ibarra y Enrique Jaramillo, la columna perfecta donde levantar el edificio de la medicina natural científica tanto en América como en España. En su caso esto ocurrió en dos etapas separadas por tres años de presidio; años en los que se comprometió con sus compañeros a escribir esta crónica de juicios y malos tratos por haber sido masón dos años (1919 a 1921) en la logia de Mario Roso de Luna.

En Eduardo Alfonso el diálogo, el humor, la fraternidad y el estudio abonan muchos libros, conferencias y el tratamiento a los pacientes, constituyendo una forma de vida alejada de la superstición y de la crueldad en comunión con la naturaleza (haber sido vegetariano le salvó de morir antes de tiempo). Esta concepción filosófica y espiritual impregnó su existencia en una época que le llevó a definirse a veces con cierta rotundidad, cosa muy alejada de su amabilidad y de su eterna sonrisa, mostrando opiniones que le hacen aún más atractivo: «Soy anarquista (no de los que tiran bombas) porque no me gusta mandar ni que me manden. Pero como esta actitud es inviable en las sociedades actuales, soy aristócrata (porque quiero que nos gobiernen los más sabios) y capitalista (porque solo las culturas de ese tipo han contribuido a las grandes creaciones científicas y artísticas de la humanidad)».